РПЦ, образована решением Синода от 31 янв. 1991 г. как Магаданская и Камчатская в границах Магаданской области, Чукотского автономного округа и Камчатской обл. (см. ст. Камчатский край), отделена от Хабаровской епархии. В 1991-1993 гг. именовалась Магаданской и Камчатской, в 1993-2000 гг.- Магаданской и Чукотской, с 19 июля 2000 г. имеет совр. название, а ее границы совпадают с границами Магаданской обл. Кафедральные населенные пункты - г. Магадан и пос. Синегорье Ягоднинского р-на, кафедральные соборы - магаданский во имя Троицы Живоначальной и синегорский Благовещенский. Правящий архиерей - архиеп. Иоанн (Павлихин). Епархия разделена на Магаданский и Синегорский благочиннические округа. К марту 2016 г. в ней действовал магаданский в честь Покрова Пресвятой Богородицы женский монастырь, были зарегистрированы 25 приходов; в клире состояли 31 священник и 4 диакона. При ЕУ работают отделы: по делам благотворительности и социального служения, информационно-издательский, по взаимодействию с казачеством, по взаимодействию с Вооруженными силами и правоохранительными органами, по взаимодействию со СМИ (пресс-служба), тюремного служения, миссионерский, по делам молодежи, религ. образования и катехизации.
С сер. XVII в. по 1727 г. территория М. и С. е. входила в Тобольскую епархию, с 1727 по 1840 г.- в Иркутскую (см. ст. Иркутская и Ангарская епархия). С 1840 г. бо́льшая часть земель относилась к Камчатской епархии. В 1852 г. этой епархии в церковном отношении была подчинена территория Якутской обл., включавшая юго-зап. часть совр. М. и С. е. В 1870 г. территория М. и С. е. была разделена между Якутской и Камчатской епархиями; в 1899 г. земли последней вошли в новообразованную Владивостокскую епархию (см. ст. Владивостокская и Приморская епархия). В 1945-1991 гг. территория М. и С. е. относилась к Хабаровской и Владивостокской епархии.
31 янв. 1991 г. временное управление новообразованной Магаданской и Камчатской епархией было поручено Иркутскому еп. Вадиму (Лазебному; ныне митрополит). 25 марта 1991 г. Синод определил быть епископом Магаданским и Камчатским клирику Калужской епархии архим. Аркадию (Афонину). Его архиерейская хиротония состоялась 21 апр. того же года. При еп. Аркадии было закончено строительство заложенного в 1990 г. Хабаровским еп. Гавриилом (Стеблюченко; впосл. архиепископ) магаданского Свято-Духовского храма, он был освящен 2 февр. 1992 г. Иконы для храма, в т. ч. Иверский образ Божией Матери, написанный в XIX в. на Афоне, были переданы в дар патриархом Московским и всея Руси Алексием II. В 1992-2011 гг. в этом храме находилась кафедра Магаданских архиереев. 23 февр. 1993 г. от Магаданской и Камчатской епархии была отделена Петропавловская и Камчатская; епархия стала именоваться Магаданской и Чукотской. Тогда же еп. Аркадий был переведен на новообразованную Южно-Сахалинскую кафедру с поручением временного управления Магаданской епархией. В сент. того же года, направляясь в США, Магадан посетил патриарх Алексий II, сопровождаемый Смоленским митр. Кириллом (Гундяевым; ныне Патриарх Московский и всея Руси). Патриарх отслужил молебен и заупокойную литию у Свято-Духовского храма о всех невинноубиенных в Колымском крае.
1 нояб. 1993 г. Синод определил Магаданским епископом быть насельнику Троице-Сергиевой лавры иером. Ростиславу (Девятову; ныне митрополит). Тогда же Южно-Сахалинский еп. Аркадий был освобожден от временного управления Магаданской епархией. 21 нояб. 1993 г. иером. Ростислав был возведен в сан архимандрита, 28 нояб. состоялась его архиерейская хиротония. В 1994 г. Успенскому приходу в Певеке было передано здание бывш. краеведческого музея, вскоре переоборудованное под храм. В 1995 г. основан Казанский приход в пригороде Магадана пос. Снежном. По благословению еп. Ростислава в пос. Синегорье при Колымской ГЭС на средства гидроэнергетиков началось возведение Благовещенской ц. В 1996 г., к 51-й годовщине победы в Великой Отечественной войне, на Аллее Памяти в центре Магадана была сооружена часовня во имя вмч. Георгия Победоносца. К кон. 1996 г. при Свято-Духовском храме был воздвигнут крестильный храм во имя св. Иоанна Предтечи. С 17 июля 1997 по 29 марта 1998 г. еп. Ростислав временно управлял Петропавловской и Камчатской епархией. В 1997 г. в возглавляемых им епархиях торжественно отмечалось 200-летие митр. свт. Иннокентия (Вениаминова), в честь к-рого был освящен храм в пос. Провидения на Чукотке, проводились научные семинары и выставки. В нояб. 1997 г. в Магадан прибыл сопровождаемый Тернопольским еп. Сергием (Генсицким; ныне митрополит) список Почаевской иконы Божией Матери. Впосл. икона побывала во мн. приходах Магаданской и Чукотской епархии. Ныне образ пребывает в магаданском Свято-Духовском храме. При еп. Ростиславе ЕУ получило новое помещение, в к-ром архиерей организовал б-ку.
28 дек. 1998 г. еп. Ростислав был переведен на Томскую кафедру, а на Магаданскую назначен Переславль-Залесский еп. Анатолий (Аксёнов). 6 окт. 1999 г. магаданский Покровский приход был преобразован в жен. мон-рь. 7 апр. 2000 г. еп. Анатолий освятил достроенную Благовещенскую ц. в пос. Синегорье. 19 июля того же года от Магаданской и Чукотской епархии была отделена Анадырская и Чукотская; Магаданская епархия получила современное название.
Синодальным постановлением от 8 окт. 2000 г. еп. Анатолию было поручено Ялуторовское вик-ство Тобольской епархии, епископом Магаданским определено быть представителю патриарха Московского и всея Руси при патриархе Антиохийском и всего Востока архим. Феофану (Ашуркову; ныне митрополит). Он был хиротонисан во епископа 26 нояб. того же года. В 2001 г. было положено начало традиции ежегодно на праздник Крещения Господня совершать освящение воды Охотского м. в проруби, находящейся в бухте Гертнера, на берегу к-рой расположен Магадан. В том же году в областном центре началось строительство Троицкого собора. Также при еп. Феофане была заложена магаданская Никольская ц., в епархии значительно увеличилось число приходов.
7 мая 2003 г. еп. Феофан был переведен на Ставропольскую кафедру, а на его место назначен пребывавший на покое еп. бывш. Корсунский Гурий (Шалимов). 14 сент. того же года была совершена 1-я литургия в строящемся магаданском Троицком соборе. В кон. сент. 2003 г. в Магадане несколько дней пребывала доставленная из Хабаровска Благовещенским архиеп. Гавриилом (Стеблюченко) чудотворная Албазинская «Слово Плоть бысть» икона Божией Матери; архиеп. Гавриил передал епархии ее список. В 2004 г. в М. и С. е. привозили мощи вел. кнг. прмц. Елисаветы Феодоровны и прмц. Варвары (Яковлевой). Еп. Гурий освятил магаданскую Никольскую ц. (10 июля 2004), часовню-грот во имя св. ап. Андрея Первозванного близ пос. Ола на месте высадки геолого-разведочной экспедиции Ю. А. Билибина в 1928 г. (28 авг. 2006), часовню во имя прп. Илии Муромца на территории пограничной воинской части в Магадане (21 янв. 2009), часовню во имя свт. Алексия, митр. Московского, на золото-серебряном руднике «Джульетта» в Омсукчанском р-не (29 окт. 2010). 1 сент. 2011 г. Патриарх Кирилл возглавил чин великого освящения магаданского Троицкого собора - храма-памятника жертвам политических репрессий. После освящения предстоятель огласил указ о присвоении этому собору статуса кафедрального, а синегорской Благовещенской ц.- статуса 2-го кафедрального собора.
5 окт. 2011 г. Синод избрал епископом Магаданским клирика Костромской епархии архим. Иоанна (Павлихина; с 1 февр. 2016 архиепископ); его архиерейская хиротония состоялась 12 окт. 2011 г. В наст. время в М. и С. е. проводится миссионерская работа среди коренных малочисленных народов Севера, продолжается строительство храмов в отдаленных районах Магаданской обл. Еп. Иоанн освятил церкви во имя мучениц Веры, Надежды, Любови и матери их Софии в пос. Хасын Хасынского р-на (30 авг. 2012), в честь иконы Божией Матери «Отрада и Утешение» в пос. Сеймчан Среднеканского р-на (11 июня 2014), во имя прп. Серафима Саровского на прииске Глухариный (Среднеканский р-н; 19 авг. 2015), Преображенскую в пос. Палатка (22 авг. 2015; в тот же день в поселке был торжественно открыт и освящен памятник благоверным кн. Петру и кнг. Февронии), во имя мц. Татианы на территории магаданского Северо-Восточного государственного ун-та (25 янв. 2016). 17 июля 2015 г. на Соборной пл. Магада-на состоялось открытие памятника свт. Иннокентию Московскому. 19 сент. того же года Якутский еп. Роман (Лукин; ныне архиепископ) доставил в Магадан ковчег с частью мощей (стопой) свт. Иннокентия; святыня была передана в дар М. и С. е. На следующий день Магаданский еп. Иоанн и Якутский еп. Роман освятили памятник этому миссионеру.
Магаданский архиерей принимает участие в работе следующих общественных орг-ций: комиссии по вопросам религ. объединений при губернаторе Магаданской обл., общественного совета при Управлении Федеральной службы судебных приставов по Магаданской обл., общественного совета при Управлении Федеральной службы исполнения наказаний России по Магаданской обл., антинаркотических комиссий Магаданской обл. и мэрии Магадана. В М. и С. е. действуют общеепархиальные церковно-общественные орг-ции: некоммерческий Фонд поддержки и развития Магаданской обл., информационно-издательский совет при епархии, магаданское отделение Об-ва правосл. врачей России им. свт. Луки (Войно-Ясенецкого), архиеп. Симферопольского, Магаданский городской благотворительный общественный правосл. фонд «Отчий дом», занимающийся реабилитацией алко- и наркозависимых.
В 2001 г. было заключено соглашение о сотрудничестве епархии с Управлением образования Магаданской обл., в школах Магадана введено факультативное преподавание «Основ православной культуры». С 2014 г. действует аналогичное соглашение с обл. Мин-вом образования и молодежной политики. При магаданской Никольской ц. имеется Об-во любителей церковной истории северо-востока России. Ежегодно с 1996 г. в М. и С. е. организовываются региональные Кирилло-Мефодиевские чтения, с 2001 г. проходят обл. Рождественские образовательные чтения, с 2013 г. в Магадане проводятся образовательные Пасхальные ученические чтения, в к-рых принимают участие школьники со всего региона. В епархии также проходят региональные этапы всероссийских конкурсов «За нравственный подвиг учителя», «Просвещение через книгу» и международного конкурса детского творчества «Красота Божьего мира».
С 1993 г. в Магадане работает правосл. телеканал «Охотский ряд». С марта 2001 г. издается епархиальная газета (до 2011 под названием «Колымская лампада», ныне «Колымский благовестник»).
Взаимодействие с местной властью осуществляется на основе соглашения о сотрудничестве между Правительством Магаданской обл. и М. и С. е. (2014). Также епархией заключены соглашения о сотрудничестве с Отделом Федеральной миграционной службы России по Магаданской обл., с Управлением МВД России по Магаданской обл., с Управлением Федеральной службы исполнения наказаний России по Магаданской обл., с Главным управлением МЧС России по Магаданской обл., с Управлением Федеральной службы Российской Федерации по контролю за оборотом наркотиков по Магаданской обл., с Мин-вом здравоохранения и демографической политики Магаданской обл. и с Магаданским обл. наркологическим диспансером.
В М. и С. е. действуют Союз правосл. молодежи и магаданский городской комитет «За нравственное возрождение Отечества»; организуются детские правосл. лагеря.
Молельные комнаты имеются в отделениях УВД Магаданской обл., в колонии строгого режима в пос. Уптар (административно подчинен областному центру) и в колонии-поселении в пос. Сплавная Хасынского р-на.
В М. и С. е. особо почитаются святые, подвиг мученичества и исповедничества к-рых связан с Колымским краем: протоиереи священномученики Михаил Околович, Василий Агафоников, Димитрий Неведомский, священники священномученики Елеазар Спиридонов, Петр Богородский, Димитрий Казанский, Иоанн Козырев, Василий Козырев, Василий Крылов, мч. Иоанн Малышев, мц. Анна Шашкина, преподобноисп. Мария (Корепова). Синодом УПЦ к лику местночтимых святых были причислены отбывавшие заключение в Северо-Восточном ИТЛ схиархим. преподобноисп. Андроник (Лукаш) и архим. преподобноисп. Иов (Кундря); их почитают и в М. и С. е. В Свято-Духовском храме находятся почитаемые списки Албазинской, Почаевской и Иверской икон Божией Матери, ковчег с мощами мн. святых, иконы с частицами мощей прп. Серафима Саровского, сщмч. Харалампия, свт. Иннокентия Московского, блж. Матроны Московской, патриарха свт. Тихона, а также св. первоверховных апостолов Петра и Павла. Святыни Троицкого собора: ковчег с частью мощей свт. Иннокентия Московского, почитаемый список иконы Божией Матери «Всецарица» из афонского мон-ря Ватопед, образ блж. Матроны Московской с частицей ее мощей, полученный в дар от Патриарха Кирилла при освящении им собора, рака с частью мощей местночтимого преподобноисп. Андроника (Лукаша), доставленная 13 апр. 2013 г. в Магадан из Глинской в честь Рождества Пресвятой Богородицы мужской пустыни. В университетской Татианинской ц. имеются икона и ковчег с частицами мощей мц. Татианы. В Серафимовской ц. пос. Эвенск Северо-Эвенского р-на находится почитаемая Казанская икона Божией Матери, возвращенная Церкви местным краеведческим музеем в февр. 2006 г. (в XVIII-XX вв. образ хранился в семье эвенов Хабаровых). О святынях магаданского Покровского монастыря см. в статье об обители.
С 2001 г. проводится рождественский крестный ход от магаданской Свято-Духовской ц. к часовне во имя вмч. Георгия. С 2011 г. в Северо-Эвенском р-не 13-14 июля совершается крестный ход с иконой Божией Матери «Призри на смирение» из с. Гарманда в пос. Эвенск.
Иркутский еп. Вадим (Лазебный; 31 янв.- 21 апр. 1991, в. у.), еп. Аркадий (Афонин; 21 апр. 1991 - 1 нояб. 1993, с 23 февр. 1993 еп. Южно-Сахалинский, в. у. Магаданской епархией), еп. Ростислав (Девятов; 28 нояб. 1993 - 28 дек. 1998), еп. Анатолий (Аксёнов; 28 дек. 1998 - 8 окт. 2000), еп. Феофан (Ашурков; 26 нояб. 2000 - 7 мая 2003), еп. Гурий (Шалимов; 7 мая 2003 - 5 окт. 2011), архиеп. Иоанн (Павлихин; с 12 окт. 2011, до 1 февр. 2016 в сане епископа).
Действующий. Покровский (женский, в Магадане; учрежден в 1999).